Ľubovník bodkovaný sa v prírodnej medicíne používa hlavne pri problémoch s nespavosťou, stresom a depresiami, potláča totiž úzkosti a pocity melanchólie. Okrem toho dobre pôsobí pri žalúdočných vredoch a problémoch s dvanástnikom, pankreasom či močovými cestami. Takisto má antibiotické a protizápalové účinky, dá sa použiť aj pri opuchoch a poraneniach, takisto sa používa pri obrne, roztrúsenej skleróze a menštruačných ťažkostiach.Medzi jeho nežiaduce účinky patrí precitlivelosť na slnko a fľaky na koži, okrem toho nie je vhodný pre ľudí alergických na peľ a ľudí s cukrovkou alebo HIV.
Ľubovníkový olej (Oleum Hyperici) je tradičná medicínska podoba ľubovníka. Je používaný na domáce liečenie spálenín, drobných zranení a rôznych kožných neduhov, vnútorne pri problémoch s trávením (dyspepsia). Pri príprave v domácich podmienkach sa čerstvé ľubovníkové kvety natlačia do zaváracieho pohára a zalejú olejom. Väčšinou sa odporúča olej olivový, občas je používaný aj ľanový alebo kvalitný slnečnicový. Pohár sa uzavrie a uloží na niekoľko týždňov na slnko. Po vylúhovaní sa olej scedí. Uchováva sa v uzavretej tmavej nádobe. Trvanlivosť je minimálne jeden rok. Vo veterinárnej starostlivosti sa používa buď v tekutej podobe alebo vo forme masti. Aplikuje sa zvonka pri zápaloch vemena, na zápaly, ekzémy, dermatózy.